Bệnh viện Đa khoa Quận Ô Môn được chia tách từ Trung tâm Y tế huyện Ô Môn cũ thành Bệnh viện Đa khoa quận Ô Môn và Trung tâm Y tế Dự phòng quận Ô Môn từ năm 2004 và được Quyết định thành lập chính thức từ tháng 8 năm 2009 của Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ và được nâng từ Bệnh viện hạng III lên Bệnh viện hạng II vào ngày 13 tháng 9 năm 2011 với quy mô 200 giường bệnh và 220 biên chế được Sở Y tế giao năm 2013.
     Bệnh viện Đa khoa quận Ô Môn là đơn vị sự nghiệp công lập, thực hiện theo Nghị định 43 của Chính phủ, chịu sự quản lý trực tiếp về chuyên môn của Sở Y tế thành phố Cần Thơ và chịu sự lãnh, chỉ đạo về công tác Đảng và chính quyền của Quận ủy và Ủy ban nhân dân quận Ô Môn.
     Trong những năm qua, Bệnh viện Đa khoa quận Ô Môn luôn hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ Sở Y tế giao hằng năm, đạt xuất sắc toàn diện nhiều năm liền: 2005; 2006; 2008; 2009; 2010; 2011; 2012, đặc biệt tháng 8 năm 2011 đón nhận Huân chương Lao động hạng III của Chủ tịch nước phong tặng.
     Ban giám đốc bệnh viện luôn chú trọng đến chất lượng và hiệu quả trong công tác khám chữa bệnh cho người dân trong quận cũng như các vùng lân cận, số lượng Bảo hiểm y tế đăng ký khám chữa bệnh ban đầu tại Bệnh viện Đa khoa quận Ô Môn ngày càng nhiều, tăng uy tín điều trị đối với bệnh nhân, việc đầu tư trang thiết bị y tế và phát triển các kỹ thuật mới từng bước được triển khai thực hiện có hiệu quả, đạt chất lượng điểu trị cho người bệnh. Tinh thần thái độ phục vụ của đội ngũ thầy thuốc ngày càng hoàn thiện hơn, chăm sóc, phục vụ tốt cho người bệnh, tạo được niềm tin trong nhân dân, từ đó thu hút lượng bệnh ngày càng đông đến với Bệnh viện Đa khoa quận Ô Môn.